يعمل مخبر المياه في محطة تصفية الرئيسية وبشكل يومي، على جلب عينات من مياه نهر الفرات وعينات من المحطة الرئيسية لإجراء التحاليل اللازمة عليها، حيث ينقسم المخبر إلى ثلاثة أقسام (جرثومي _ فيزيائي _ كيميائي)، حيث يتم ضخ الكلور من المحطة الرئيسية من الساعة الواحدة والنص حتى الساعة الثانية ظهراً.
وبسبب انخفاض منسوب المياه والأعمال القائمة في الجسر الجديد والتي تسببت في عكارة النهر، إلا أنه يتم تصفية المياه في الآبار الإرتشاحية والمرقدات والفلاتر والخزانات الأرضية وأجهزة الكلور، ليتم ضخ المياه معقمة نظيفة إلى مدينة الرقة.