تعمل مؤسسة الشؤون الدينية في مدينة الرقة بالإشراف على إعادة إعمار المساجد في مدينة الرقة وريفها والاشراف على معاهد تحفيظ القرآن الكريم في مساجد المدينة ضمن حلقات للذكور والإناث وفي ختام كل حلقة تقوم المؤسسة بتكريم الحفظة .
ولدى المؤسسة مباني وقف تقوم بالأشراف عليها و تأجيرها والاستفادة منها .